在劳动法中，关于用人单位能否扣除员工工资的问题，需要根据具体情况进行分析。一般来说，如果员工的缺勤、迟到等行为违反了劳动合同或公司规章制度中的规定，且这些规定是合法合理的，那么用人单位可以根据相关规定扣除一定的工资作为惩罚。但是，这种扣除必须符合法律规定，不得超过一定比例和限额。
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”这里所说的克扣是指在没有正当理由的情况下，故意减发劳动者应得的工资。因此，只要是有正当理由的，比如因为员工的过错导致的损失，是可以进行适当扣除的。
然而，即使有正当理由，扣除的比例和时间也需要遵守以下规定： 1. 扣除金额不能超过当月工资的一定比例，这个比例通常不超过20%。 2. 如果是因为员工的工作失误导致的经济损失，扣除的金额应该与经济损失相符，不能随意增加。 3. 每次扣除后剩余的工资部分不应低于当地最低工资标准。 4. 任何扣除都应在事先明确告知员工并得到其同意的情况下进行，否则属于违法行为。
如果用人单位没有正当理由就扣除员工的工资，或者超过了上述规定的限制，那么这就是一种违法的行为，劳动者可以通过向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁来进行维权。根据《劳动法》第七十七条的规定：“用人单位与劳动者发生劳动争议时，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。调解原则适用于仲裁和诉讼程序。”
以下是两个典型的案例来说明这个问题： 案例一：某公司因员工小李连续三天未请假旷工，决定扣除他本月全部绩效奖金。小李认为这是不合理的，因为他之前已经累计了足够的加班时间，而且公司从未正式通知他有这样的处罚规定。经调查发现，公司的这一规定并未公示，也没有提前告知小李。最终，仲裁庭认定该公司的做法不合理，要求公司将扣除的奖金返还给小李。
案例二：另一家公司的小张经常迟到早退，严重影响了工作进度。公司在多次警告无效后，按照已公布的考勤制度对其进行了相应的工资扣除。小张不服气，提出仲裁申请。但经过审理，仲裁庭认为公司的管理制度合法有效，且已事先告知小张，所以公司有权对小张进行适当的工资扣除。
综上所述，用人单位只有在具备充分法律依据和合情合理的条件下才能扣除员工的工资，并且在执行过程中要严格遵守法律的各项规定。如果出现纠纷，建议双方首先通过沟通和解的方式解决问题；若无法达成一致，则可通过劳动仲裁等方式寻求公正的裁决。
